亞洲空運中心設有多種特殊貨物處理設施，如 AAT COOLPORT (鮮活及醫藥品冷鏈貨物處理中心)、保險庫、危險物品儲存庫、牲口房，以及放射性物品儲存庫等，滿足客戶不同的需要。

AAT COOLPORT
AAT COOLPORT是首個位於香港機場貨站內提供全方位溫控環境的冷鏈貨物處理中心，處理溫控及高時效貨物。COOLPORT提供專屬冷鏈貨物處理區，覆蓋整個貨物處理流程，包括貨物交付、提取、打板/拆板、安檢及儲存等; 更配備多項嶄新功能，包括專屬溫控貨台、安檢設施及保安監控系統等。此外，COOLPORT增設多個冷藏、冷凍及恆溫庫，最低溫度可下調至零下28度，並配備即時溫度及濕度監控系統。COOLPORT地理位置優越，連接停機坪，確保貨物處理無縫暢順。COOLPORT內設專屬醫藥品處理庫。整個冷鏈操作流程均符合國際標準及認證 (包括世界衛生組織良好分銷規範認證(WHO GDP)、國際航空運輸協會鮮活貨物運輸認證 (CEIV Fresh) 及醫藥品冷鏈運輸認證(CEIV Pharma))。有關詳情，請點擊及瀏覽此連結。

危險物品儲存庫及放射性物品儲存庫
亞洲空運中心設立了專門處理第2類至第9類的危險物品及放射性物品的儲存庫。儲存庫採用了先進的防火設施，並由已受培訓及具專業資格的工作人員負責處理。

保險庫
亞洲空運中心內的保險庫配備了嚴密保安設施及防盜系統二十四小時操作，讓客戶能安心享用我們的服務。

牲口房
牲口房設於亞洲空運中心二號空運貨站一樓東翼，毗連一樓停機坪連接區及漁農自然護理處辦公室，以縮短牲口付運的距離。牲口房內配備恆溫系統及沖洗設施，以確保牲口得到適當的照料。